O Conselho Municipal de Saúde de Itapoá (CMSI) é órgão de caráter permanente e deliberativo, tem como missão a deliberação, fiscalização, acompanhamento e monitoramento das políticas públicas de saúde. Foi instituído no Município pela Lei Municipal nº 007/2001 de 18 de abril de 2001.

O CMSI é um órgão vinculado a Secretária de Saúde composto por representantes de entidades e movimentos representativos de usuários, entidades representativas de trabalhadores da área da saúde, governo e prestadores de serviços de saúde, sendo o seu Presidente eleito entre os membros do Conselho.

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É competência do Conselho, dentre outras, aprovar o orçamento da saúde assim como, acompanhar a sua execução orçamentária e também cabe ao pleno do CMSI a responsabilidade de aprovar a cada quatro anos o Plano Municipal de Saúde.

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O Conselho Municipal de Saúde tem a missão de fiscalizar a execução das politicas públicas para garantir a saúde para todos os usuários do SUS no âmbito municipal e a participação da sociedade civil na elaboração, na execução e na fiscalização do sistema de saúde em Itapoá.